Estancia en Alejandría 

El trágico suceso de la masacre de los niños por orden de Herodes ocurrió hacia mediados de octubre del año 6 a.C., cuando Jesús tenía poco más de un año. Sin embargo, en la corte de Herodes había personas que creían en el futuro Conceptos del Mesías esperado y una de ellas, al enterarse de la orden de matar a los niños de Belén, se puso en contacto con Zacarías, el padre de Juan el Bautista. Zacarías, a su vez, envió un mensajero a José. La noche anterior a la masacre, José y María abandonaron Belén con su bebé y viajaron a Alejandría, en Egipto. Para no llamar la atención, emprendieron el viaje solos con Jesús. Llegaron a Alejandría, apoyados por la ayuda financiera de Zacarías, y José encontró empleo en su oficio, mientras María y Jesús se alojaban con prósperos parientes de la familia de José. Permanecieron en Alejandría dos años enteros.

La vida en Belén había estado tan llena de ansiedad e incertidumbre que María aplazó el destete de Jesús hasta que pudieran llegar a un lugar seguro y estable en Alejandría. La pequeña familia se alojó en casa de unos parientes de José y éste encontró rápidamente trabajo como carpintero. Después de trabajar varios meses, José fue ascendido al puesto de capataz de un gran grupo de obreros que participaban en la construcción de un edificio público. Esta nueva experiencia despertó su aspiración de convertirse en contratista y constructor una vez que regresaran a Nazaret.

Durante los primeros años de la vulnerable infancia de Jesús, María permaneció siempre vigilante; mantenía una vigilia constante para asegurarse de que nada dañara a su hijo ni interfiriera en su futura misión terrenal. Su devoción por su hijo no tenía parangón, y no escatimó esfuerzos para protegerlo.

En el hogar donde vivía la pequeña familia, había otros dos niños de edad similar a la de Jesús, y en su comunidad cercana, otros seis niños eran lo suficientemente cercanos en edad como para ser compañeros de juego adecuados. Al principio, María se inclinó por mantener a Jesús a su lado, temiendo posibles peligros si jugaba en el jardín con los otros niños. Sin embargo, con la ayuda de José y el apoyo de sus parientes, comprendió que permitir que Jesús se relacionara con niños de su edad era importante para su desarrollo. María reconoció que sobreprotegerle podría llevarle a ser consciente de sí mismo y a centrarse en sí mismo.

En consecuencia, aceptó dejar que Jesús creciera como cualquier otro niño. Aun así, permaneció vigilante, siempre pendiente de los pequeños cuando jugaban en casa o en el jardín. Sólo una madre cariñosa puede comprender realmente el peso que María llevaba en su corazón durante estos primeros años de la infancia y niñez de su hijo; estaba constantemente preocupada por su seguridad.

Durante su estancia de dos años en Alejandría, Jesús gozó de buena salud y siguió creciendo a un ritmo normal. Aparte de un pequeño círculo de amigos y parientes, muy pocas personas conocían la condición de Jesús como "hijo de la promesa". Fue uno de los parientes de José quien reveló esta información a unos pocos amigos de Menfis, que resultaban ser descendientes del antiguo gobernante egipcio Ikhnaton. Estos amigos, junto con un pequeño grupo de creyentes de Alejandría, se reunieron en la fastuosa residencia del pariente de José, que también era un benefactor. Esta reunión tuvo lugar poco antes del regreso de la familia a Palestina como gesto de buena voluntad y para mostrar su respeto por el niño.

Durante esta reunión, Jesús recibió una copia completa de la traducción griega de las Escrituras hebreas. Sin embargo, esta copia de los textos sagrados judíos no fue entregada a José y María hasta después de que declinaran las invitaciones de sus amigos de Menfis y Alejandría para quedarse en Egipto. Estos creyentes argumentaban que Jesús, como residente en Alejandría, podía ejercer potencialmente una mayor influencia en el mundo que si se encontrara en un lugar concreto de Palestina. Estos argumentos persuasivos hicieron que retrasaran su partida hacia Palestina, incluso después de recibir la noticia de la muerte de Herodes.

Pero José y María finalmente abandonaron Alejandría, embarcándose en un barco propiedad de su amigo Esdrasón, que los llevó a Jope. Llegaron a Joppe a finales de agosto del año 4 AEC. Desde allí viajaron directamente a Belén, donde pasaron todo el mes de septiembre consultando con sus amigos y parientes para decidir si debían permanecer allí o regresar a Nazaret.

Hacía tiempo que María opinaba que Jesús debía ser criado en Belén, la "ciudad de David", pues consideraba que Belén era el lugar más apropiado para criarlo, ya que era el posible candidato al trono de David. Pero José no estaba de acuerdo; sabía que en realidad no era descendiente de David, que sólo por la adopción de uno de sus antepasados se le consideraba parte de ese linaje. Además, José desconfiaba del hijo de Herodes, Arquelao, que había tomado el mando tras la muerte de su padre. Temía que el hijo fuera tan amenazador como lo había sido su padre. José prefirió arriesgarse con Herodes Antipas en Galilea. Era inflexible en sus objeciones a Belén y persuasivo en su preferencia por Galilea como el mejor lugar para criar a Jesús. Pero tardó tres semanas en convencer a María.

Finalmente, decidieron regresar a Nazaret, y en octubre del año 4 a.C., unos dos años después de su huida original de Belén, volvieron a salir de esa ciudad un domingo por la mañana. Sus parientes se negaron a que viajaran solos, así que María y Jesús montaron en una bestia de carga y José, junto con cinco amigos, caminaron a su lado.